Poniższa lista nie zawiera opisu baz danych - tego jak i przez kogo zostały organizowane. Zawiera jedynie praktyczne wskazówki odnośnie możliwości dostępu do tych danych i ich wykorzystania we własnej pracy (ograniczenia licencyjne). Pozostałe informacje można znaleźć nie tylko na wskazanych stronach, ale również przy poszczególnych obrazach (jak i gdzie zostały zrobione).
- Casimage - jedna z najstarszych baz danych, liczy ok. 10 000 obrazów. Sprawia wrażenie już nie rozwijanej (linki do strony organizatorów nie działają). Brak jednego archiwum danych. Dostęp jest możliwy przez interfejs WWW. Obrazy można pobierać indywidualnie. Na szczęście obrazy umieszczone są na serwerze począwszy od pliku 0 do 9735. Dzięki temu można szybko pobrać je korzystając z przygotowanego przeze mnie skryptu [linux, wget]:
for i in $(seq 9735); do wget "http://pubimage.hcuge.ch/4DCGI/FULLIMAGE/$i"; echo $i; done
Niestety nie wszystkie pliki chcą się od razu pobrać, dlatego polecam kilkukrotne uruchomienie nieznacznie zmodyfikowanej wersji poprzedniego skryptu:
#!/bin/bash for i in $(seq 9735) do if [ ! -f $i ] then wget "http://pubimage.hcuge.ch/4DCGI/FULLIMAGE/$i"; echo $i; fi done - RSNA - zbiór baz danych zorganizowanych przez Stowarzyszenie Radiologów Ameryki Północnej. Dostęp do wielu medycznych baz danych za pomocą interfejsu WWW.
- MyPacs - prawdopodobnie największy (ok. 120 000) publicznie dostępny zbiór obrazów medycznych. Dostęp przez interfejs Flash, bez możliwości pobierania danych. Możliwość taka jest po przełączeniu się do uproszczonego trybu html.
- MedGift - demo systemu wyszukiwania obrazów MedGift, który bazuje na innym systemie, a mianowicie: Gift. Dane pochodzą prawdopodobnie z bazy Casimage. Zaletą tego systemu jest możliwość szybkiego stworzenia zbioru podobnych obrazów, co w przypadku pozostałych baz trzeba zrobić samemu (lub można skorzystać z zaproponowanego podziału na kategorie).
- MedPix - druga co do wielkości baza obrazów. Dostępny interfejs WWW utrudnia pobieranie obrazów (zablokowany prawy przycisk myszy). Można się jednak do nich dostać przez Google Images (link do wyszukiwania). Niestety obrazki mają dodane wizualne adnotacje, co jeszcze bardziej utrudnia swobodne ich przetwarzanie.
- IRMA - zbiór ok. 15 000 obrazów podzielonych na ok. 200 kategorii. Dostęp do archiwum z plikami możliwy jest po podpisaniu warunków użycia (do zastosowań naukowych, nie komercyjnych, bez możliwości udostępniania pełnego zbioru dalej) i przefaksowaniu na podany adres.
- ImageCLEF - ok 80 000 obrazów, dostępnych prawdopodobnie w postacie jednego lub kilku archiwów. Obrazy pochodzą m.in. z bazy IRMA, Casimage. Warunki użycia są podobne jak w przypadku bazy IRMA, tylko muszą one zostać podpisane przez osobę na stanowisku kierowniczym w jednostce naukowej.
- Midas - baza danych pod patronatem firmy Kitware, która patronuje m.in. VTK i Insight Toolkit. Związana z elektronicznym czasopismem naukowym Insight Journal. Obrazy dostępne przez interfejs WWW najczęściej w formatach źródłowych: DICOM lub binarnym.
- Springer Images - obrazy dołączone do publikacji Springer. Każdy obraz ma indywidualną licencję jednak w trakcie wyszukiwania można wybrać grupę licencji otwartych.
- Images from the History of Medicine (NLM) - obrazy związane z historią medycyny zebrane przez National Library of Medicine USA.
Mam nadzieje, że przedstawione przeze mnie bazy obrazów medycznych pozwolą czytelnikowi na znalezienie ciekawego materiału badawczego i zaowocują powstaniem ciekawych prac naukowych. Powodzenia.
