piątek, 29 maja 2009

Pomiary na obrazach przestrzennych

0 komentarze
Niezbędnym etapem procesu analizy obrazu są pomiary ilościowe. Dają one liczbową informację o cechach analizowanego obiektu lub grupy obiektów i w dalszym etapie mogą służyć do właściwej ich klasyfikacji.

W tym wpisie przyjrzymy się możliwościom omawianych wcześniej pakietów do wizualizacji w zakresie pomiarów i analizy obiektów na obrazach przestrzennych. Zostaną omówione dodatkowo dwa nowe programy (BioImageXD oraz ImageJ), które nie były jeszcze opisywane na tym blogu.

Slicer 3D posiada dedykowany moduł do liczenia statystyk LabelStatistics. Wykonuje on proste pomiary na obszarach wyznaczonych za pomocą modułu segmentacji. Możemy wyznaczyć liczbę punktów, wartość minimalną, maksymalną oraz średnią i odchylenie standardowe wskazanego obszaru.

ParaView rzadko jest wykorzystywany do pracy z obrazami przestrzennymi, dlatego nie ma wbudowanych mechanizmów do pomiarów. Ma on jednak dwa narzędzia, które mogą okazać się bardzo przydatne. Pierwszym z nich jest możliwość generowania dowolnych profili, co widać na poniższym obrazku.

Natomiast drugi to wyświetlanie histogramu:

Kolejny program - MeVisLab - posiada szereg narzędzi do pomiarów zarówno obrazów 2D jak i 3D. Poza statystykami również pozwala na wyświetlanie profili i histogramów.
Następne narzędzie to BioImageXD. Wbudowany moduł Analyze object zajmuje się zliczaniem obiektów i ich pomiarami. Niestety liczba parametrów, które są obliczane jest bardzo skromna.

Ostatnim prezentowanym programem jest ImageJ. Jego moduł do statystyk jest bardzo rozbudowany, jednak działa tylko dla obrazów 2D. Dla obrazów przestrzennych trzeba doinstalować dodatkową wtyczkę 3D Object Counter. Tutaj liczba parametrów jest znacznie mniejsza. Jego działanie można zobaczyć na poniższych zrzutach ekranu.


Podsumowując, żaden z prezentowanych programów nie ma pełnego modułu statystyk, który pozwalałby uzyskać satysfakcjonujący zestaw parametrów dla mierzonych obiektów. Wykonywanie obliczeń w kilku programach na raz nie jest ani wygodne, ani nie pozwala na wykonanie dużej serii pomiarów w sposób automatyczny.

W następnym wpisie przedstawię bibliotekę C++, która znacznie lepiej radzi sobie z obliczeniami, aniżeli prezentowane narzędzia okienkowe. Zapraszam.